剧情简介：
　　这是一部描绘非线型历史的神话故事。
　　人类大战持续了将近50年，世界由此分化为大亚细亚连邦共和国和欧共体两大阵营。持久战结束后，大亚细亚连邦共和国终于取得了胜利，并统治了欧洲和亚洲部分大陆，但战利品并不可观，除了土地的荒废，人心的慌乱外，还残留了很多战争后遗症。比如一些在战场上使用过的杀伤性化学武器、细菌武器、核武器等等。
　　这一情形告诉我们拯救人类、拯救社会、拯救世界刻不容缓，人类处于即将崩溃的状态。怎样去面对这一切？怎样去寻找重生的道路？社会呼唤有志之士勇敢地战出来给这个被战争荒废了世界寻找一个公道。在这样危急的时刻，东博士提倡“完整地制造出人类所有器官的新造细胞”理论，这一理论在学术会上得到了认可。东博士的爱妻绿已久病卧床不起，为了把妻子从死神手中夺回来，东博士也必须完成这个研究。但社会保健部门从研究初期开始就企图独吞这一成果，为了顾全大局东博士在不断让步的情况下，着手开始这项研究。在东博士的呕心沥血的研究下，新造人类终于诞生。但原本是以拯救人类为目的制造的“新造细胞”到头来却于人类为敌，把人类赶进血的世界……

　　近未来，日本政要为了推进社会的发展，宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士（长岛一茂 饰）参与其中，谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后，光明寺博士不明不白死于事故，身后留下了正上大学的女儿美津（佐津川爱美 饰）以及还未成年的儿子小胜（池田悠斗 饰）。某个夜晚，姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持，危机时刻一名神秘男子出手相助，随后该男子竟然现出战斗机器人的模样，他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎（入江甚仪 饰）。
　　光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起，而更大的危机和阴谋正向他们逼近……

　　滂沱雨夜里，朔也目击母亲坠入暴涨溪水中、失去踪影，自己也意外落桥，跌进长达一年的昏迷。一觉醒来，世界翻了面貌，警察判定母亲选择「自由死」，AI技术全面颠覆人类社会，有人因此解脱，有人无所适从。朔也无法接受母亲撒手人寰，为了抚慰内心伤痛，决意在虚拟世界里重建其模型，也让母亲的密友彩花自此走进他的生命。然而为了理解真相，秘密无所遁形，母亲从未揭露的一面也曝了光⋯⋯

　　或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……
　　本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。